Hola Eduardo.
El Cgi te va a funcionar sin necesidad de hacerle nada especial, lo que tendrás que configurar es el IIS para que acepte la ejecución del archivo cgi.
La única diferencia es que la carpeta assets que en apache esta en htdocs la tendrás que copiar en wwwroot
Yo hace muchos (pero muchos) años que no tocaba IIS (creo que desde su versión 3), pero en un ratico googleando por la web encontré cómo hacerlo.
Te dejo un pantallazo de la configuración de mi ejemplo por si te sirve de ayuda
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Esta respuesta fue modificada 4 años, 1 mes por Alfredo Sanz.